第一條，全面控制污染物排放。針對工業、城鎮生活、農業農村和船舶港口等污染來源，提出了相應的減排措施。包括依法取締“十小”企業，專項整治“十大”重點行業，集中治理工業集聚區污染；加快城鎮污水處理設施建設改造，推進配套管網建設和污泥無害化處理處置；防治畜禽養殖污染，控制農業面源污染，開展農村環境綜合整治；提高船舶污染防治水平。

第二條，推動經濟結構轉型升級。調整產業結構、優化空間布局、推進循環發展，既可以推動經濟結構轉型升級，也是治理水污染的重要手段。包括：加快淘汰落后產能；結合水質目標，嚴格環境準入；合理確定產業發展布局、結構和規模；以工業水循環利用、再生水和海水利用等推動循環發展等。

第三條，著力節約保護水資源。實施最嚴格水資源管理制度，嚴控超采地下水，控制用水總量；提高用水效率，抓好工業、城鎮和農業節水；科學保護水資源，加強水量調度，保證重要河流生態流量。

第四條，強化科技支撐。完善環保技術評價體系，加強共享平臺建設，推廣示范先進適用技術；要整合現有科技資源，加強基礎研究和前瞻技術研發；規范加強基礎研究和前瞻技術研發；規范環保產業市場，加快發展環保服務業，推進先進適用技術和裝備的產業化。

第五條，充分發揮市場機制作用。加快水價改革，完善污水處理費、排污費、水資源費等收費政策，健全稅收政策，發揮好價格、稅收、收費的杠桿作用。加大政府和社會投入，促進多元投資；通過健全“領跑者”制度、推行綠色信貸、實施跨界補償等措施，建立有利于水環境治理的激勵機制。

第六條，嚴格環境執法監管。加快完善法律法規和標準，加大執法監管力度，嚴懲各類環境違法行為，嚴肅查處違規建設項目；加強行政執法與刑事司法銜接，完善監督執法機制；健全水環境監測網絡，形成跨部門、區域、流域的污染防治協調機制。

第七條，切實加強水環境管理。未達到水質目標要求的地區要制定實施限期達標的工作方案，深化污染物總量控制制度，嚴格控制各類環境風險，穩妥處置突發水環境污染事件；全面實行排污許可證管理。

第八條，全力保障水生態環境安全。建立從水源到水龍頭全過程監管機制，定期公布飲水安全狀況，科學防治地下水污染，確保飲用水安全；深化重點流域水污染防治，對江河源頭等水質較好的水體保護；重點整治長江口、珠江口、渤海灣、杭州灣等河口海灣污染，嚴格圍填海管理，推進近岸海域環境保護；加大城市黑臭水體治理力度，直轄市、省會城市、計劃單列市建成區于2017年底前基本消除黑臭水體。

第九條，明確和落實各方責任。建立全國水污染防治工作協作機制。地方政府對當地水環境質量負總責，要制定水污染防治專項工作方案。排污單位要自覺治污、嚴格守法。分流域、分區域、分海域逐年考核計劃實施情況，督促各方履責到位。

第十條，強化公眾參與和社會監督。國家定期公布水質最差、最好的10個城市名單和各省（區、市）水環境狀況。依法公開水污染防治相關信息，主動接受社會監督。邀請公眾、社會組織全程參與重要環保執法行動和重大水污染事件調查，構建全民行動格局。